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短信是否由运营商收取是否违法，需要根据具体情况来判断。一般来说，短信服务是运营商提供的服务之一，用户需要支付短信费用给运营商。如果运营商在合法范围内收取短信费用，并且符合相关法规和政策规定，那么这种收费行为是合法的。但是，如果运营商未经用户同意擅自收取短信费用或者存在其他违规行为，比如滥用短信服务、发送垃圾短信等，那么这种行为就可能是违法的。因此，具体情况需要根据相关法律法规和政策来判断。如果用户认为自己的权益受到侵害，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
如果您对短信收费有疑问，建议先了解相关政策和规定，再根据自己的实际情况进行判断和处理，如有需要，也可以咨询专业的法律人士。